शल्यक अर्बुदविज्ञान विभाग एम.सी.एच. रेज़िडेंसी कार्यक्रम प्रदान करता है, जिसमें एक वर्ष में तीन विद्यार्थियों को प्रवेश दिया जाता है (एक प्रायोजित सीट के साथ)। यह पाठ्यक्रम 2013 में आरंभ हुआ था और 31 मार्च 2021 तक एम.सी.एच. शल्यक अर्बुदविज्ञान में नौ विद्यार्थी प्रशिक्षण प्राप्त कर रहे हैं। इस पाठ्यक्रम में प्रवेश जिपमेर द्वारा आयोजित एक प्रवेश परीक्षा के आधार पर होता है।