शरीरक्रिया विज्ञान विभाग संस्थान की स्‍थापना के समय से हीं जिपमेर के प्रमुख विभागों में से एक है। शरीरक्रिया विज्ञान विभाग चिकित्सा के स्नातकपूर्व तथा स्नातकोत्तर छात्रों के साथ विभिन्न परामेडिकल पाठ्यक्रमों के छात्रों को भी चिकित्सीय शिक्षा और प्रशिक्षण प्रदान करता है। विभाग चिकित्‍सालय के रोगियों के लिए इलेक्ट्रोफिजियोलॉजिकल नैदानिक प्रक्रियाएं, पल्मोनरी फ़न्‍क्शन परीक्षण और ऑटोनॉमिक फ़न्‍क्शन परीक्षणों पर नैदानिक जाँच करता है। शरीरक्रिया विज्ञान विभाग की एक अनूठी विशेषता यह है कि इलेक्ट्रोफिजियोलॉजी प्रयोगशाला तीस वर्षों से भी अधिक समय से रोगियों के प्रबंधन में चिकित्‍सा सेवाएं प्रदान कर रही है। विभाग की विभिन्न प्रयोगशालाओं में पूरे अत्‍साह से अनुसंधान गतिविधियाँ भी आयोजित की जाती हैं। विभाग में एक अत्याधुनिक पशु अनुसंधान प्रयोगशाला है। योग अनुसंधान, थेरपि एवं प्रशिक्षण विभाग की महत्वपूर्ण नियमित विशिष्टताएं हैं। जिपमेर की उन्नत योग चिकित्सा, प्रशिक्षण, शिक्षण एवं अनुसंधान केंद्र (ए.सी.वाई.टी.ई.आर) शरीरक्रिया विज्ञान विभाग के अधीन है। शरीरक्रिया विज्ञान विभाग ने शरीरक्रिया विज्ञान तथा योग पर कई राष्ट्रीय सम्मेलन, सी.एम.ई. और कार्यशालाएं आयोजित की है।