सूक्ष्मजीवविज्ञान विभाग एम.बी.बी.एस., बी.एससी., चिकित्सा प्रयोगशाला प्रयोगशाला प्रौद्योगिकी (एम.एल.टी.). बी.एससी. नर्सिंग और बी.एससी. संबद्ध चिकित्सा विज्ञान जैसे स्नातकपूर्व पाठ्यक्रम प्रदान करता है। विभाग प्रति वर्ष अधिकतम 6 छात्रों को सूक्ष्मजीव विज्ञान में एम.डी. पाठ्यक्रम प्रदान करता है। इसके बावजूद, विभाग ने 2010 में एम.एससी. चिकित्सा प्रयोगशाला प्रौद्योगिकी (सूक्ष्मजीवविज्ञान) पाठ्यक्रम शुरू किया जिसमें प्रतिवर्ष अधिकतम 5 उम्मीदवारों को दाखिला दिया जाता है। सूक्ष्मजीवविज्ञान में पीएच.डी. के लिए प्रतिवर्ष औसतन 3 से 4 उम्मीदारों को दाखिला दिया जाता है। विभाग चिकित्सा अभिलेख प्रशिक्षुओं और चिकित्सा अभिलेख अधिकारियों (एम.आर.टी./एम.आर.ओ.) और आपातकालीन ट्रॉमा तकनीशियन पाठ्यक्रम (ई.एम.टी.) के शिक्षण में भी शामिल है। विभाग में दिनांक 31 मार्च 2021 तक 15 कनिष्ठ रेजिडेन्ट और 5 वरिष्ठ रेजिडेन्ट है। इस वर्ष, 4 कनिष्ठ रेजिडेन्टों ने अपनी उपाधि सफलतापूर्वक पूर्ण करने के बाद एम.डी. उपाधि और 4 पीएच.डी. शोधार्थियों ने अपनी डॉक्टरेट प्राप्त की। विभाग चिकित्सालय संक्रमण नियंत्रण में एक पोस्टडॉक्टरल फेलोशिप पाठ्यक्रम प्रदान करता है जिसका कार्यकाल 2 वर्ष के लिए है।