जिपमेर में अंतःस्त्राविकी विभाग 2010 से दक्षिण भारत में मैजूदा सार्वजनिक क्षेत्र में इस प्रकार का पहला विभाग है। मानक अंतःस्त्राविकी प्रयोगशाला हॉर्मोन विश्लेषण के लिए केमिलूमिनेस्अन्स इम्यूनोअसे ऐनलाइज़र से सुसज्जित है। विभाग में हडि़्डयों की डेंसिटोमेट्री और शरीर रचना विश्लेषण करने के लिए डी.एक्स.ए. भी है। इसके साथ डाइअबीटिक फूट, फ़न्डस कैमरा, ऐम्ब्युलटॅरी ब्लड प्रेशर मॉनिटर तथा थाइरॉइड अल्ट्रॉसाउंड के प्रबंधन के लिए वांछित विभिन्न उपकरण भी उपलब्ध हैं। फिलहाल विभाग में साधन संपन्न संकाय के साथ अंतःस्त्राविकी में डी.एम और पीएच.डी. कार्यक्रम चलाए जा रहे हैं। विभाग में नियमित शैक्षणिक कार्यक्रम जिसमें जर्नल क्लब, संगोष्ठी, मामलों पर चर्चा और अंतरविभागीय बैठकें शामिल हैं। वर्तमान में, विभाग में विविध अनुसंधान परियोजनाएं चल रही हैं जिनमें अंतरविभागीय एवं बहु केन्द्रीय सहयोगी परियोजनाएं शामिल हैं। हमारे रेज़िडेन्ट्ओं एवं संकायों द्वारा किए गए शोध कार्यों पर मौखिक/ पोस्टर प्रस्तुतियों को कई राष्ट्रीय/ अंतरराष्ट्रीय सम्मेलनों में नियमित रूप से प्रस्तुत किए जाते हैं। विभाग में रोगियों की संख्या भी बहुत अधिक रूप से बढती जा रही है।